У період Великої Вітчизняної війни церква була разом зі своїм народом. Прикладів відданого служіння віруючих і духовенства своїй Батьківщині було немало в кожному селі і кожному місті.
Під час війни різко змінилась сталінська політика у стосунках з релігією. Головною в ній стала лібералізація державно-церковних відносин. З цією метою у вересні 1943 р. при Раді народних комісарів СРСР був створений спеціальний державний орган — Рада у справах Російської православної церкви. В травні 1944 р. постановою Раднаркому СРСР була створена Рада у справах релігійних культів для зв’язку уряду з релігійними організаціями інших, неправославних віросповідань. Аналогічні структури були створені і у республіках.
Для проведення нової релігійної політики в областях України, як і всього Радянського Союзу, в кінці 1949 р. були призначені уповноважені Ради у справах РПЦ і Ради у справах релігійних культів. Вони вирішували питання реєстрації громад, відкриття храмів, молитовних будинків тощо. Уповноваженими Ради у справах РПЦ по Сумській області були призначені Т. Носуленко (1944-1948 рр.), С. Гріненко (1948- 1953 рр.), Є. Валахов (1961-1966 рр). Уповноваженими Ради у справах релігійних культів по Сумській області працювали: О. Чаловський (1945-1952 рр.), Я. Севастьянов (1952- 1960 рр.), І. Лиходій (1960-1966 рр.). З 1966 р. ці посади були об’єднані, і відтоді призначався уповноважений у справах релігій.
Та майже водночас відновились утиски й гоніння на протестантів. Так, у 1945 році в області були зареєстровані, а в 1948 безпідставно зняті з реєстрації 22 громади ЄХБ. Тоді це практично означало заборону їх релігійної діяльності. Натиск поступово посилювався. У 1949 році було знято з реєстрації ще 15 громад ЄХБ, у тому числі в селах Скрягівка Тростянецького, Ротівка та Ховзівка Путивльського, Хотінь Сумського районів.
У перші післявоєнні роки дещо зменшилась кількість релігійних громад ЄХБ. На 1.01.1949 р. їх залишилось 61. На обласному рівні керівництво цими громадами здійснювали старші пресвітери. Першими з них по Сумській області були О. Ф. Димитрієв (1945-1954), В. Я. Суханов (1954-1958), П. С. Лісовенко (1958-1960), О. Т. Теслюк (1960-1962), В. К. Щавлинський (1962-1963).
Проте період “потепління” у державно-церковних відносинах був хитким і нетривалим. Багато хто з партійних керівників відверто говорив про відхід від “марксистсько-ленінських позицій”, про “закручування гайок” стосовно церкви і т. п. Вже приблизно з 1948 р. послідовний розвиток державно-церковних відносин практично зупинився.
На Сумщині за звинуваченням антирадянській діяльності у 1947 р. були заарештовані і позбавлені волі на 8 і 5 років відповідно пресвітер церкви ЄХБ с. Комишанка Недригайлівського району Мошенський Іван Сергійович та член цієї громади Подоляко Данило Макарович.
За період з 1951 по 1953 рр. за віру, хоча в судових вироках значилось “За антирадянську діяльність”, жорстоко були покарані десятки жителів Сумщини, у т. ч. і літніх жінок.
Тільки в Сумському районі за ці роки безпідставно до кримінальної відповідальності були притягнуті члени громади ЄХБ, с. Кровне: Бурда Ірина Семенівна, Білокур Олександра Наумівна, Ковтун Антоніна Юхимівна, Харченко Анастасія Федорівна.
Таким чином, розвиток подій та історичні факти свідчать, що державна політика в церковно-релігійній сфері в цей період, як і в 20-40 роки, не змінилась. Вона полягала не у відокремленні Церкви від держави, як про це говорилось офіційно, а в поневоленні державою Церкви і у винищуванні тих конфесій, які на таке поневолення добровільно не йшли.